Алексей родился в неверующей семье. Осознанно обратился к Богу в 14-летнем возрасте.

Окончил Самарский государственный медицинский университет (педиатрический факультет и аспирантура). Получил степень магистра богословия (ThM) в семинарии «Мастерс» (The Master’s Seminary) в Лос-Анджелесе.

Был рукоположен на дьяконское служение.

С 2007 г. исполнял обязанности помощника пастора, а в 2012 г.был рукоположен на пасторское служение.

Сейчас Алексей Прокопенко — пресвитер церкви «Преображение» в г. Самара

Вместе с женой Екатериной воспитывают дочь Кристину и сына Марка.